國家高等教育機構教育部與國防部為提升軍事人文與科技教育的學術水準，規定各軍事基礎院校都應接受教育部辦理之「大學評鑑」，大學評鑑之類別如下 ：（一）校務評鑑：對各大學教務、學生事務、總務、圖書、資訊、人事及會計等事務進行整體性之評鑑。（每五年至七年應辦理一次）
（二）院系所及學程評鑑：對各大學院、系、所及學程之課程設計、教師教學、學生學習、專業表現、圖儀設備、行政管理及辦理成效等項目進行之評鑑。（每五年至七年應辦理一次）
（三）學門評鑑：對特定領域之院、系、所或學程，於研究及教學等成效進行之評鑑。（依需要辦理）
（四）專案評鑑：基於特定目的或需求對大學進行之評鑑。（依需要辦理）
校務評鑑是每五年至七年，針對學校教務、學生事務、總務、圖書、資訊、人事及會計等各類教學行政事務，進行整體性之評鑑，是屬於校長等一級教育主管校務行政績效的評鑑。所謂「上行下效」、「風行草偃」，軍事教育條例明定：軍事學校置校長一人，綜理校務；得置副校長、教育長、政戰主任各一人，襄助校長處理校務，並推動學術研究。前項軍事學校校長、副校長、教育長、政戰主任之任職條件、任期及任 (免) 職，由國防部定之。但基礎教育學校校長、副校長、教育長得聘文職人員擔任。 然而，就軍事學校管理校務的校長而言，國防部並未尊循由總統公佈立法院通過之大學法與國防部訂立的軍事教育條例第八、九條規定來組織「軍事學校校長遴選委員會」，明訂「軍事學校校長甄選辨法與校長任期」，依法就具備教師資格者甄選各軍事學校校長人選，處理校務，並推動學術研究。尤其，以軍事學校校長無任期制這件事，影響並阻礙軍事大學教育發展的情況最為嚴重：高階軍官因升遷「佔缺」制度，每一、二年就必需換一個職務，這與大學法的宗旨「校長綜理校務、負責校務發展、對外代表大學」的教育理念，逕相違背。國軍軍事學校通識教育國文教材中有陸九淵〈義利之辨〉一文曰： 孔子曰「君子喻於義，小人喻於利」……夫惟官資崇卑，祿廩厚薄是計，豈能悉心力於國事民隱，以無負於任使者哉？ 民國九十九年教育部將針對九十六、九十七、九十八、九十九學年度各軍事院校教務、學生事務、總務、圖書、資訊、人事及會計等校務進行大學評鑑，各軍事院校長暨所有教育主管與行政職員，面對各軍事學校建校以來尚未全面制度化以及尚未完整規劃的校務發展，對軍事教育體系帶來不可預估的衝擊！軍事學校教育主管必須站在教育專業的立場規劃校務並推動有關國防人文與科技的學術研究，不可將軍事基礎院校作為所屬軍種的師資培育或軍職教師實習教學的場域。軍事大專以上學校的師資培育計畫，應將選拔出的公費學生送至國內、外一流大學研究所博士班學習，成為具備國軍科技專業特色的專業人才。公費時間內未學成者，應委派至各軍種教育行政單位，參與研究軍事教育師資培育斷層的問題、國家國防政策長程發展國防科技的方針，以改善軍事教育與軍職師資。應該以國家國防政策長程發展的前瞻性與國家前途為考量，聘任符合專長資格並具有博士學位以上的軍文職師資，從事人文與科技的學術研究，培育國軍幼苗，奠基國家國防力量，維護全民的安全。
國防部行文軍校新聘教師需有博士學位：但是站在各軍總部與各學校的立場，仍然依循傳統觀念晉用教師：「要照顧本校畢業生或本軍軍官為晉用原則」，專長與教師資格反而為其次；各學校依據大學法第十七條與學校組織章程依舊聘任本軍「碩士講師」任教，形成學校教師、教行人員幾乎是單一軍種。就遺傳學而言：這些受教孩子的智能，一定會產生問題的。高階軍官豈可視國家資源與國防政策、國防科技、國防安全為兒戲？
對於大學評鑑而言，大學法第十四條學校職員任用應依公務人員、教育人員相關法律之規定，會計、人事人員任用應依會計、人事有關之法令之規定。而軍事學校人事等行政職員未依相關法令任用，大多是軍中轉任或約聘雇人員。因此，產生學生上課時是圖書館理專業人員上班時間，學生課餘及夜間圖書館理人員已經下班等等，諸如此類教育資源的浪費；學校職員因不具證照或考試合格資格，在學校教育行政上的非專業認知，造成軍校校園倫理盡失，或教育行政與學術研究根本無法推動的窘境。記得，為了因應教育部對軍事大學的評鑑，軍事學校曾自行聘請大學教授進行評鑑工作，由學校教務處負責規劃：評鑑成績結果教授們給了零分。原來，這些教授到學校進行評鑑工作時，負責的單位依據各級長官涖校視察的方式，熱情的招待教授們參觀校園、簡報與餐敘，沒有提供任何評鑑應有的資料與內容，就請教授們給分數。
其實，軍事學校的教育只要回歸教育法規依法行政，依據國家法律設立、組織學校教育，就能維持大學學程的正常化。目前，各軍事學校教育的學分課程，一再受到軍事訓練與行政命令的干擾。由教育部不再頒發軍事高等教育機構「軍學士學位證書」，只頒「學士學位畢業證書」的事證可知，軍事訓練部份並不在大學教育學程之內，軍事學校的軍事訓練需要另外安排訓練時段。茲舉例說明，例一：在軍事學校教務已經排定的學期課程時間表，隨著軍事訓練等等需要，經常調課變動課程成為慣例。例二：在軍事學校實施的「學長制度」，校方派任未受過教育專業訓練的二、三、四年級學生，以軍事訓練實習為方法，從事學生管理工作以及課餘後的軍事訓練，造成軍校生在倫理、品格與專業課業學習上最大的困擾。例三：根源於軍校傳統「學生實習幹部觀念」的不當管教訓練，加深了軍人階級意識的潛質教育。加上校方沒有提供充足的學習與讀書環境，軍事訓練與專業學習又未分段、分階實施，使得軍校生在一年級新生剛進校的時候，大多數課餘與夜間就寢前的時間，都在從事軍事訓練或團體活動，耗盡所有體力與時間，根本無法準備或複習學校學程課業，養成良好的讀書習慣，奠定專才課業的基礎。 在二十一世紀「知識國防」的今天，如何培訓軍校生養成良好的讀書習慣，加強本識學能，以提昇軍校學生指揮、科技、參謀等國防軍備的建軍基本素質，校務革新可說是軍事學校未來發展的命脈。
至於各院系所及學程評鑑每五年至七年辦理一次，是針對各大學院、系所及學程之課程設計、教師教學、學生學習、專業表現、圖儀設備、行政管理及辦理成效等項目進行之評鑑。雖然軍事學校依軍事教育條例第九條規定：授予學位或發給畢業證書之軍事學校，其分設學院者，各置院長一人，綜理院務；各學系 (科) 各置主任一人，辦理系 (科) 務；各單獨設立之研究所，各置所長一人，辦理所務。未設學院者得依實際需要，置部主任一人，整合各系教務。系 (科) 主任、所長及部主任採任期制，由國防部定之，就具備教授資格者遴選，若該院、系 (科) 、所暫無符合資格之教授，得由副教授兼代，唯以一任為限。大學法規明定行政單位，其組織層級至多以二級為限，系 (科) 主任、所長及部主任就具備「教授」資格者遴選，「副教授兼代」實屬違法。然而，檢視各軍事學校的現況，各學校教育大多仍以非具「教授」資格，或「專長不合」的軍文職教授、副教授代理部主任或通識中心主任一級主管職位，完全無視於教育法規與教師倫理的存在。這件事，不但證明軍事學校對於教育專業性的不足，以及未恪遵軍事教育條例第二十二條「提升軍事教育水準」的法規，更輕蔑教育部核准的「教師資格」對學校教育的重要性。國軍軍事學校通識教育國文課本司馬光〈論東漢風俗〉一文云： 教化，國家之急務也，而俗吏慢之；風俗，天下之大事也，而庸君忽之；夫惟明智君子深識長慮，然後知其為益之大，而收功之遠也。 面對大學評鑑學程的課程設計、教師教學與學生學習，軍事學校卻無需借重學有專精的「教授」與主導國防科技「學術研究」的存在，使得以大量公帑支出公費的軍事學校教育與畢業獲頒教育部理工等學士學位證書的軍校生，畢業後在國防人文科技與學術研究專業領域，至今無軍人在國際知名獎項獲獎的傑出表現。實在與公費支出不成比例的教育成效，令人咋舌。尤其，軍人在今日社會地位的低落，與近年來在國防人文科技專業的表現，伐善可陳，可窺見其貎。
站在大學評鑑的觀點而言，軍事大學缺乏足夠的軍職教授從事軍事教育，這意味著國防部對各軍事學校教育除了沒有依據國家公佈的大學法與軍事教育條例辦學，對軍事學校教育也沒有制定一套周全的教師培訓永續的計畫。另一方面更不願勇於面對世界文化與科技知識潮流的大趨勢，捨棄小我私利的意識形態，成就大我公義公正精神，依法聘任具有科技與人文專業的軍文職師資，從事軍事教育工作，真正落實人文與科技學術研究的深耕教育。長久以來，國防部放任下屬詮釋「無法提昇師資與學生素質」的原因，是「軍校生來源就素質低落，或以只要擁有碩士學位在軍事大學，已經綽綽有餘」等荒謬論調為由，因人用事，導致目前軍事學校培養研究國防科技以提升國家安全並奠基國防力量的軍官，在人文、科技與學術程度上遠遠低於一般公、私立大專院校而不自知。 司馬光曰：
臨雍拜老，橫經問道。自公卿大夫，至於郡縣之吏，咸選用經明行修之人。虎賁衛士，皆習孝經。匈奴子弟，亦遊太學。是以教立於上，俗成於下。 有鑑於「校務評鑑」是軍事學校教育未來發展的命脈，「系所及學程評鑑」是提升軍事教育水準的根基。然而，各院校未能依法執行各項教育法律與規範，問題還是出在軍事教育漠視學校教育的宗旨，無法確立文武關係。 各軍事學校校長應以身作則，帶領各級教育主管，推動國防人文科技學術研究，進用民間師資、專長，充分發展軍校生專業知能或學術水準。軍事教育一旦偏重軍事部隊訓練管理，就會失去教育專業人才的重心。現階段軍事學校教育，如果仍然以國家戒嚴時期「服從命令為軍人的天職」守舊的階級意識型態，從事教育。這麼一來，軍校生在人格的塑造上就會形成一種舊時代軍人的人格特質；學生在學校的養成教育中潛藏著「習慣屈服於權力，卻又對威權深惡痛絕」的壓抑中；學成後的軍官卻沈浸於「軍階與權力」的迷思下，直接驗證了「權力就是暴力」或「絕對的權力，絕對的腐敗」的經驗。
其實，在國家非戰時期，軍官的階級意識長期在任職的軍事單位或機構中，嚴重反映出「軍官階級等於個人權力」的錯覺而不自知；這樣的行為違反憲法上保障人民（包含軍人）有「免於恐懼自由」的天賦人權，這是軍事教育在「公民教育」與「全人格教育」上的首要課題。
事實上，在軍事學校任教的文職教師，以「甘地、曼德拉的改革方式」苦口婆心的對軍事教育提出教學革新建議時，一律被視為「非我族類」。主管學校校務工作者，不但無視於軍事問題所在，並經常以粗暴的行政程序，回報教師對軍事教育「有教無類」的建言。因此，誠懇呼籲在權力與傲慢的迷思暫時無法退出校園的同時，至少能做到為了培育未來國防專業人才的考量「軍事學校文職教師比例不得低於三分之一」、「基礎教育學校校長、副校長、教育長得聘文職人員擔任」的軍事教育條例為宜，並確立「文武關係」的人文素養，以保持軍官品德的高度。 教育無論在何種「意識形態」下，都是畫地自限，故步自封的。教育的改革必需是漸進的，這也是大學法、大學評鑑法規定每五年至七年辦理一次的原因。因此，唯有落實軍官的品德教育，才能改變軍事學校未來教育政策大公無私的觀念。
大學法第十七條：大學教師分「教授、副教授、助理教授、講師」，從事授課、研究及輔導。大學得設講座，由教授主持。
